Michael Jürgen Werner ist Rechtsanwalt und seit 2001 verantwortlicher Partner im Bereich Wettbewerbsrecht und Kartellrecht des Brüsseler Büros.

In Chambers wurde er wie folgt beschrieben: "He advises on German and EU competition law, including state aid issues. One client says he is "hands on and experienced in international matters.'" Nach Auszug weiterer Publikationen ist er – mit seiner hervorragenden Erfahrung im Wettbewerbsrecht sowie im Europäischen Recht - „einer der kreativsten Anwälte" Brüssels im Bereich Wettbewerb und Aufsicht. 

Mit mehr als 30 Jahren Erfahrung ist er einer der führenden Anwälte in den Bereichen: Automobil, Energie, Industrie, Transport (Luftverkehr, Schienenverkehr, ÖPNV), Telekommunikation und Finanzinstitute. Er berät nationale Regierungen und regionale Behörden sowie private Unternehmen bei der Gestaltung von Verfahren vor der EU-Kommission und nationalen Regulierungsbehörden in wettbewerbsrechtlichen-, vergabe- und beihilferechtlichen Verfahren. 

Michael Jürgen Werner ist seit 2004 Berater Bundesministeriums für Verkehr, Bau und Stadtentwicklung (BMVBS) und berät dieses in vergaberechtlichen und europarechtlichen Fragen im Zusammenhang mit den A- und F-Modelle im Bundesfernstraßenbau.    

Er verfügt über umfangreiche Erfahrung im deutschen und europäischen Wettbewerbsrecht einschließlich Fusionskontrolle. Er begleitete eine Vielzahl von Verfahren vor der EU-Kommission, dem Bundeskartellamt, den Europäischen Gerichten (Europäischer Gerichtshof), nationalen Gerichten und vor anderen nationalen Kartellbehörden sowie Joint Venture Transaktionen und Kartelluntersuchungen. Ein Schwerpunkt seiner Tätigkeit betrifft die beihilfe- und vergaberechtliche Beratung im Zusammenhang mit der Umstrukturierung und Privatisierung öffentlicher Aufgaben.

Michael Jürgen Werner ist Autor von führenden Kommentaren zum europäischen Wettbewerbs- und Vergaberecht. Als Beispiel zu nennen sind der „Frankfurter Kommentar zum Kartellrecht (GWB)" und der "Kommentar zum Vergaberecht" (Byok/Jäger). Er ist Mitherausgeber des Brussels Commentary (EU Maritime Law).

Er ist Dozent am Europainstitut der Universität des Saarlandes für  Beihilfenrecht und regelmäßig Referent bei verschiedenen nationalen und internationalen Vortragsveranstaltungen zu kartell-, beihilfen- und vergaberechtlichen Themen. Darüber hinaus ist er Mitglied des Beirats der Europäischen Rechtsakademie Trier sowie Vorsitzender des DAV Belgien. 

Er ist deutscher Muttersprachler und spricht fließend Englisch, Französisch und Italienisch.